水域内の窒素、燐などの栄養塩類濃度は富栄養化の指標である。
環境基準点の３地点の上層の年度平均値は全窒素、全隣とも環境基準値（全窒素１mg/L以下、全燐０．０９mg/L以下）を越えている。
１１年度（全窒素１．４７mg/L 、全隣０．０９３mg/L）と比較すると、全窒素１．５９mg/L 、全燐０．１０７mg/Lとも、若干悪化した。湾奥に位置する東京都内湾は著しく富栄養化した状態にあるため、春から秋にかけては赤潮が発生しやすい。 経年的に見ると全窒素、全燐とも昭和５７年度以降は、多少のばらつきはあるもののほぼ横ばいである。
図−４ 全窒素の経年変化
図−５ 全燐の経年変化
なお、東京都内湾は千葉県、神奈川県にわたる東京湾（ロ）水域に指定されている。図−４、図−５の東京湾（ロ）の値は、この水域内１１環境基準点の上層の平均値である。東京都内湾は、東京都の水域の環境基準点３地点の平均値である。
４，水質の季節変化へ